Untuk meningkatkan mutu secara berkelanjutan, relevansi dan efisiensi layanan UMSU di era global, maka pengelolaan UMSU membutuhkan Sistem Penjaminan Mutu (SPM).
Pada tahun 2009, Rektor UMSU membentuk Badan Penjaminan Mutu (BPM). Berdasarkan SK Rektor UMSU Nomor : 033/E-1/KPTS/ UMSU/I/2009 tanggal 23 januari 2009 dijelaskan bahwa BPM didukung oleh Empat Bidang yaitu : Bidang pengembangan Sistem Penjaminan Mutu Eksternal BAN PT program Studi, Bidang pengembangan Sistem Penjaminan Mutu Eksternal BAN PT Institusi, Bidang Pengembangan Sistem Penjaminan Mutu Internal, dan Bidang Audit Internal Mutu Akademik.
Kemudian dilakukan penyederhanaan/pengembangan dengan SK Rektor UMSU Nomor : 019/E-1/KPTS/ UMSU/I/2013 tanggal 16 januari 2013 tentang Struktur dan Personalia Lembaga Pengendalian Mutu Universitas Muhammadiyah Sumatera Utara dikembangkan menjadi tiga Kepala Bagian yaitu : Kepala bagian Layanan Teknologi Informasi dan Komunikasi, Kepala Bagian Mutu Internal, dan kepala Bagian Mutu Ekternal.
Pada tahun 2013 UMSU mencanangkan sebagai ”Tahun Mutu” artinya selama tahun 2013 UMSU melakukan proses peletakan pondasi awal ”Penjaminan Mutu Institusi” sebagai tindak lanjutnya adalah dengan menyiapkan dokumen-dokumen mutu yang segera akan di Implementasikan pada pertengahan tahun 2013 dan awal tahun 2014.
